Proteger PDF cifra o arquivo com AES-256 e uma senha para abrir, que você digita duas vezes. Também dá para restringir permissões: impedir ou permitir imprimir, copiar texto, modificar e preencher formulários ou comentar. Guarde bem a senha, porque, se você esquecer, não há como recuperá-la. Desbloquear PDF faz o caminho inverso: remove as restrições de impressão, cópia e edição e, se o PDF pede senha para abrir, tira essa senha quando você digita a correta. Ele não adivinha nem quebra senhas e só deve ser usado em documentos que você tem direito de desbloquear.
Assinar PDF coloca sua assinatura em qualquer página: desenhada com o dedo ou o mouse, digitada em três estilos de letra ou enviada como imagem, com a opção de remover o fundo branco. Você move, ajusta o tamanho, repete quantas vezes precisar e pode acrescentar nome e data. É uma assinatura eletrônica simples (visual), não uma assinatura digital com certificado.
Tarjar PDF é para esconder dados de verdade, como CPF, endereços ou valores. Você desenha retângulos sobre o que quer ocultar; as páginas marcadas viram imagem com as tarjas pintadas de preto, e o texto escondido é eliminado, não fica por baixo. Essas páginas perdem o texto selecionável (dá para aplicar OCR depois) e, por padrão, os metadados do documento também são apagados. Não confunda com Cortar PDF, que só esconde da vista.
Comparar PDF mostra o que mudou entre duas versões: no modo texto, as diferenças palavra por palavra aparecem destacadas (acrescentado em verde, removido em vermelho), página por página; no modo visual, as páginas são sobrepostas e os pixels que mudam ficam em vermelho. O resultado aparece na tela.
Achatar PDF transforma campos de formulário e anotações, como destaques, notas, desenhos e assinaturas feitas como anotação, em parte fixa da página: tudo continua igual, mas não pode mais ser editado nem apagado em um leitor de PDF. É um bom passo antes de enviar um formulário preenchido. Achatar não protege com senha nem apaga informação escondida; para isso, combine com Proteger PDF ou Tarjar PDF.